In München starten wir beim Müllerschen Volksbad nördlich der Ludwigsbrücke diese Etappe des Isarradwegs. Wir folgen der Zellstraße vorbei an der Muffathalle, halten uns an der folgenden Verzweigung rechts und überqueren den Auer Mühlbach. Nach der Brücke wenden wir uns nach links und halten und bei der folgenden Weggabelung nochmals links. Danach unterqueren wir die Maximiliansbrücke, passieren das Maxwerk und fahren unter der Luitpoldbrücke hindurch. Im Anschluss kommen wir am Achtersee vorbei und unterqueren die Max-Joseph-Brücke. Die Heinrich-Mann-Allee bringt uns unter der John-F.-Kennedy-Brücke hindurch und wir streifen den noblen Stadtteil Herzogpark.
Kurz vor dem Stauwehr Oberföhring biegen wir rechts ab und radeln über den Max-Halbe-Weg zur Mauerkirchnerstraße. Wir wenden uns nach links und folgen der Mauerkirchnerstraße ein Stück. Kurz vor einer Rechtskurve verlassen wir die Mauerkirchnerstraße linkshaltend über die Mittlere-Isar-Straße. Diese bringt uns über den Isarkanal. Nach der Brücke vollzieht unser Weg eine Rechtskurve und wir radeln in der Folgezeit über die Isarinsel Oberföhring nordostwärts. Dabei fahren wir links an einem Pavillon vorbei und passieren auf Höhe der Sankt-Emmeram-Brücke eine Statue des Emmeram von Regensburg. Wir radeln immer weiter geradeaus und unterqueren die Herzog-Heinrich-Brücke sowie die Leinthalerbrücke.
Nach den Brücken halten wir uns an einer Weggabelung schräg links und radeln zwischen Isar und Isarkanal immer weiter Richtung Nordosten. Schließlich verlassen wir die bayerische Landeshauptstadt und fahren in einem sanften Linksbogen am Poschinger Weiher vorbei. Der Weiher, der zu Unterföhring gehört, versteckt sich hinter den Bäumen und wäre in einem kurzen Abstecher erreichbar (Einkehrmöglichkeit im Seegarten). Im Anschluss vollzieht unser Radweg einen langgezogenen Rechtsbogen und wir kommen am Isarsteg Unterföhring vorbei. Immer geradeaus weiter radelnd unterqueren wir die A 99 und wir erreichen das Gemeindegebiet von Ismaning. Wir bleiben stets in Flussnähe und passieren Ismaning an seiner Westseite.
Dort kommen wir auch am Abzweig zum Sempt-Isen-Radweg vorbei, der ausgehend vom Isarradweg über Ismaning, Erding und Dorfen nach Schwindegg führt. Zu guter Letzt leitet uns der Radweg nach einer Rechtskurve doch noch in die Ortschaft hinein. Wir treffen auf eine Teerstraße (An der Fähre), der wir nach links folgen. Kurz darauf endet die asphaltierte Fahrbahn und wir tauchen wieder in die Isarauen ein. Kurz darauf unterqueren wir die B 471 und radeln rechts der Isar bleibend über den etwas holpriger werdenden Uferweg nordwärts. Schließlich verlassen wir den Landkreis München und erreichen den Landkreis Freising. Nach dem Hinweisschild kommen wir wenig später zu einer Brücke und wir überqueren linkshaltend die Isar.
Nach der Brücke wenden wir uns nach rechts und folgen von nun an der linken Seite des Flusses. Bald darauf unterqueren wir die Landstraße, die Mintraching mit Hallbergmoos verbindet. Kurze Zeit später mündet von links die Kirchentour in den Isarradweg. Die beschilderte Kirchentour wird uns bis nach Moosburg begleiten. Wir radeln weiter durch die Isarauen und unterqueren einige Zeit später die A 94. Nach der Unterführung kommen wir zu einer Querstraße und fahren geradeaus weiter. In der Folgezeit bleiben wir am Ufer und radeln durch die Isarausen nordostwärts. Kurz vor Freising unterqueren wir eine Landstraße. Wenig später führt uns der Weg nach schräg links hinauf zum Damm.
Linker Hand blicken wir zum Dom St. Maria und St. Korbinian. Über den Damm erreichen wir Freising und treffen dort auf die Korbinianbrücke. Wir fahren geradeaus weiter und radeln nach der Querstraße schräg rechts hinunter zur Isar. Im Anschluss unterqueren wir die Isarstraße und verlassen am Ufer bleibend die Stadt Freising. Später fahren wir unter der B 301 hindurch und treffen auf Höhe von Marzling auf eine Querstraße. Hier zweigen vom Isarradweg in nördlicher Richtung der Abens-Radweg sowie in südlicher Richtung der Radweg Durchs Erdinger Land ab. Wir behalten unsere Grundrichtung bei, überqueren die Straße und bleiben auf der linken Isarseite.
Südlich von Oberhummel treffen wir zu unserer Linken auf einen Weiher, der durch die Moosach gespeist wird. Kurz darauf wendet sich unser Radweg nach links und führt uns von der Isar weg. Wir überqueren die Moosach und treffen wenig später auf eine Querstraße. Dieser folgen wir entlang des Damms nach rechts und wir radeln bei der folgenden Querstraße geradeaus weiter. Ein Stück entfernt von der Isar folgen wir dem Damm in nordöstlicher Grundrichtung. Nach einer langgezogenen Rechtskurve treffen wir auf eine Kreuzung und folgen der Beschilderung nach rechts und zurück zum Ufer. Hier biegen wir links ab und radeln entlang der Isar Richtung Moosburg. Kurz vor Moosburg führt uns der Radweg nach links vom Ufer weg.
Im Anschluss passieren wir den Abzweig zum Ammer-Amper-Radweg, der hier seinen Anfang nimmt und auf knapp 200 Kilometern dem Lauf der Amper und der Ammer nach Oberammergau folgt. Wir überqueren den Amper-Überführungskanal und radeln über die Fischerstraße nach Moosburg hinein. Nach einer Linkskurve biegen wir rechts in die Jägerstraße ein und verlassen diese kurz darauf wieder nach schräg rechts. Nach einer Unterführung treffen wir auf die Landshuter Straße, an der unsere Etappe endet. Nach links würde man das Zentrum von Moosburg an der Isar sowie den Bahnhof erreichen. Nach rechts geht es weiter über den Isarradweg Richtung Landshut und Dingolfing.
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